明明是圣谕,看作是假托;像杨涟那样忠心,却被诽谤为居功自傲。大臣怕被说是居功,宁愿以待罪之身躲在一边,当君父有急难的时候,却在那里袖身旁观,这也是导致天下大乱的歪理。被这样的说法所迷惑,真正的孝不知道是孝,把不孝也当作大孝;真正的忠不知道是忠,把不忠也当作大忠。忠孝都可以颠倒,什么事情不可以胡为呢?所以方从哲、郑养性不能不讨伐,为什么还让他们住在天子脚下?”当时在朝廷暗中支持方从哲的势力很大,他们摘取了高攀龙奏疏中“不孝”的话激怒皇帝,将要对他严加谴责。叶向高大力拯救,这才停发俸禄一年。邹元标受到攻击,高攀龙请求和他一同罢免,皇帝下诏挽留他。升为太仆卿,提升刑部右侍郎。
天启四年(1624)八月拜左都御史。杨涟等一群人攻击魏忠贤,双方已势不两立。等到叶向高离职,魏广微天天引导魏忠贤做坏事,而高攀龙是赵南星的门生,一同在重要部门。御史崔呈秀巡按淮、扬回来,高攀龙揭发他贪污受贿的邪恶行为,赵南星建议把他充军,崔呈秀处境困迫,急忙跑到魏忠贤那里,乞求做他的干儿子,于是捡了谢应祥的事,说高攀龙党附赵南星。皇帝下了道严厉的圣旨责问追究,高攀龙自己承担罪责走了。不久,南京御史游凤翔调出当知府,揭发高攀龙挟持私人势力排挤他。下诏恢复了游凤翔过去的官职,革了高攀龙的职。崔呈秀还不解恨,一定要杀他,把他的名字偷偷塞进李实弹劾周起元的奏疏中,派遣缇骑前往逮捕他。高攀龙早上拜谒宋代儒家学者杨龟山祠,有人把这公文告诉了他,高攀龙回去和二个门生一个弟弟在后园的池上喝酒,听说周顺昌已经被逮捕,笑说:“我视死如归,现在就要实现了。”进去和夫人说话,跟平时一样。出来,写了两张纸告诉二个孙儿说:“明天交给官府的校尉。”于是让他们出去,关好门。过了一会儿,大伙推门进去,看到一盏灯火光微弱,高攀龙已经整整齐齐地穿戴好衣帽自己溺死在池中了。拆开他所封的纸,是一个遗表,说:“我虽然被革职,从前曾是大臣,大臣受侮辱就是侮辱国家。谨向北面叩头,跟从屈原遗留下来的榜样。”又有告诉门生华久诚的信说:“我能够像这样从容不迫的死去,多少还是得力于我一生治学的结果。”当时他六十五岁。远近的人听到他的死讯,没有不为他哀伤的。
崔呈秀还不解恨,假传圣旨把高攀龙的儿子世儒交给司法部门审理,刑部判世儒不能防范他的父亲,流放服劳役。崇桢初年,追赠高攀龙为太子少保、兵部尚书,谥号忠宪,授予高世儒官职。
起初,海内学者全部都尊奉王守仁的学说,高攀龙心里很不以为然,他和顾宪成同在东林书院讲学,以静为主。品行纯良忠厚,完全是一个正直的人,被当时的学者所尊奉。海内士大夫,认识的和不认识的,都一致称颂高、顾二人。高攀龙被革职的时候,皇帝下诏拆毁了东林书院。庄烈帝即位,学者重新修复了它。
冯从吾,字仲好,陕西长安人。万历十七年(1589)进士,改任庶吉士,授官御史。巡视宫城,宦官置备名帖求见,拒绝不见。礼科都给事中胡汝宁奸诈狡猾、胡作非为,多次揭发都不离职。冯从吾揭露他的邪恶,才把他调往外地,正值考核地方官员的时候,冯从吾严加巡视,行贿者销声匿迹。
万历二十年(1592)正月上奏章说:“陛下郊庙祭礼不亲自参加,朝臣聚会不亲自驾临,奏章扣留在禁中不下发。请看戊子(1588)以前,周边国家效忠顺服,天下太平;己丑(1589)以后,南有倭寇告急,北有强敌犯边,天灾人祸,层出不穷。前者为励精图治的功效,后者是懈怠败坏的灾祸。近来传颂皇帝告谕,说皇帝身体欠佳,想以此为由自我掩饰,却不知宫内敲钟,声音已传于宫外。陛下每晚必饮酒,每饮必醉,每次喝醉了必定发脾气。左右的人稍有一句话不对劲,就用乱棍打死,外廷没有不知道的。天地良心,难道是可以欺骗的么!希望陛下不要以为天灾不足畏惧,不要以为人言不足忧虑,不要以为目前的太平安定可以依赖,不要以为将来的危险动乱可以忽视,如此,则是国家社稷的大坏事。”皇帝大怒,想处罚他廷杖刑。正好赶上仁圣太后的寿辰,内阁大臣极力劝解得以幸免。不久告假回家,起用巡视长芦盐政。为政清廉,优待商人,奸猾之徒大为收敛。回到朝廷后,正赶上皇帝因为军事事务大批废黜北京和南京的言官。冯从吾也被剥夺官籍,还是由于先前上疏的缘故。
冯从吾生性纯正而诚实,有志于濂、洛二个学派的理学,跟着许孚远学习。罢官回家,闭门谢客,用前辈学者的格言,对照自己的实践,造诣更加深邃。在家隐居二十五年,光宗即位,起用尚宝卿,提升太仆少卿,全因为哥哥的丧礼没有赴任。不久改任大理寺。