促俞大猷出战,俞大猷坚持不可轻举妄动。等到永顺、保靖兵卒陆续赶到时,才随张经大败倭寇于王江泾,但功劳被赵文华、胡宗宪所冒领,并因金山战败事,被朝廷贬谪为一般办事官员。
柘林倭寇虽然败北,但新增援的倭寇乘战船三十余艘突破青村所,与南沙、小乌口、狼港诸路贼人汇合,进犯苏州陆泾坝,直逼娄门,击败南京都督周于德所率部队。海寇又分为二路,北路攻掠浒墅,南路骚扰横塘,兵势蔓延到常熟、江阴、无锡等地,进退于太湖之中。俞大猷与副使任环大败海寇于陆泾坝,烧毁敌船三十余艘。又在三丈浦对向海外逃走的倭寇予以拦击,击沉敌船七艘,海寇退往三板沙停泊。不多时,另外一支倭寇进犯吴江,俞大猷与任环又在莺月豆湖处伏击,倭寇逃往嘉兴。三板沙倭寇掠夺民船作逃跑的打算,俞大猷追击到马迹山,擒获倭寇头目。金泾、许清、白茅港的倭寇见势不妙,都乘船出海,俞大猷追击到荣山,焚毁五艘敌船。倭寇逃到马迹山、三板沙,官军又追上,破坏了三艘敌船。江阴蔡港倭寇也企图逃走,官军在马迹山、马图、宝山分别与敌作战。正值飓风掀起,海盗船沉没不少。柘林的倭寇亦遭官军攻击,击沉船只二十余艘,其余的倭寇退到岸上。稍后,又乘船向海外逃窜。俞大猷与佥事董邦政分路攻击,俘获敌船九艘。在大风的袭击下,敌人又损失战船三艘,剩下的三百人回头登岸,逃到华亭陶宅镇驻守,屡次击败赵文华所率大部官军。入夜倭寇屯驻周浦永定寺,官军四面合围。此时柘林遭风暴袭击的九船倭寇屯集于川沙洼,并纠合其他失散倭寇船只共计四十余艘,兵势尚未止息。巡抚曹邦辅弹劾俞大猷放纵敌人,嘉靖帝恼怒,剥夺其世袭特权,并说他该当死罪,令俞大猷立功赎罪。由于官军对周浦倭寇围攻甚急,倭寇乘夜色掩护向东北逃窜,遭到游击曹克新的拦截,杀死敌人一百三十名,其余倭寇遂与川沙洼的倭人汇合。各路官军日夜攻击,川沙洼的倭寇烧掉营地乘船出海。俞大猷带副使王崇古入海追击,在老鹳嘴赶上敌人,焚毁倭寇大船八艘,杀伤无数。残余倭寇逃往上海浦东。
起初,因倭患严重,特地任命都督刘远为总兵官,兼职管辖苏、松诸郡,在几个月的时间内毫无作为。廷臣争说俞大猷有将才。嘉靖三十五年(1556)三月遂将刘远罢免,任命俞大猷为总兵官。倭寇进犯西庵、沈庄及清水洼,俞大猷偕同董邦政击败敌人,倭寇逃到陶山,皇帝为此诏令归还俞大猷世袭特权。倭人自黄浦向外逃遁,俞大猷追击挫伤敌人。这年冬天,因为参与讨平徐海的功劳,加职为都督佥事。徐海部众被讨平后,浙西的倭患止息。只有宁波舟山的倭寇依据险要,与官军抗衡,官军将其围困,而难以攻克。此时作战勇猛的狼兵、士兵都已遣散放归,而从四川、贵州调集的麻寮、大剌、镇溪、桑植六千名士兵刚到。俞大猷乘大雪天,四面攻击舟山倭寇,倭寇拼死作战,杀死了士官一名。各路官军愈益争先,冲上去焚毁了敌人栅栏,倭寇死亡甚多,逃出来的也被歼灭,舟山倭寇被官军扫平。
第二年,胡宗宪正以计谋取汪直,听从卢镗的建议与汪直通市贸易,俞大猷表示坚决的反对。后来汪直被诱捕下狱,汪直余党毛海峰等于是据守舟山,在岑港设寨阻挡官军。俞大猷围击,不时有一些小的胜利。然而仰攻不利,冲上去的将士多被敌人杀死。倭寇大批增援而来。朝廷急切地督促胡宗宪出战,胡宗宪以大话敷衍。朝中士大夫竞相诋毁胡宗宪,并弹劾俞大猷。于是撤销俞大猷及参将戚继光的职务,并以一月为期限,平定倭寇。俞大猷等感觉压力甚大,于是对倭寇发动了更加猛烈的攻击,倭寇也更加死守。三十七年(1558)七月倭寇才自岑港移驻柯梅,造起一批战船后,泛舟逃去。俞大猷等在海上拦截,击沉倭船一艘,其余倭寇于是乘船向南,流动攻掠闽、广一带。俞大猷先后杀倭四五千人,几乎平定倭患。由于官军将倭寇围击一年而不能攻破,胡宗宪觉得倭寇出走更有利,于是暗地让敌人溜出,并不督兵邀击。等到御史李瑚就此事弹劾胡宗宪时,胡宗宪则将罪责推到俞大猷头上,嘉靖帝大怒,下令逮捕俞大猷,再次剥夺他的世袭荫庇的特权。
陆炳与俞大猷的私人关系很好,他暗地里用自己的家私向严世蕃行贿,俞大猷得以出狱,并命他去边塞立功赎罪。大同巡抚李文进了解俞大猷的才华,跟他一起筹划军事。于是俞大猷设计制造出抵御敌人骑兵的独轮车。他曾用百辆独轮车、三千骑兵,在安银堡大败敌人。李文进向朝廷推荐了俞大猷的这一战车御敌之法,朝廷因此设置了兵车营。京师营卫中有兵车营这一编制,从此时开始。李文进准备偷袭蒙古部落,就商于俞大猷,依计行事,果然大有战绩。朝廷因此赐还俞大猷世代荫庇子孙的特权,接着敌人攻掠广武,俞大猷又将其击退。此前在评定平息汪直倭患的功劳时,朝廷同意将俞大猷免罪录用。至此,镇。。出现匪情,川湖总督黄光升向朝廷推荐了俞大猷,俞大猷即任命为镇。。参将。