林丹汗率撤至漠北喀尔喀，但喀尔喀三汗与他不和。于是林丹汗率领所属数万之众，西奔库赫德尔苏，经呼和浩特，渡黄河到达鄂尔多斯。皇太极分兵三路穷追林丹汗四十一天天，五月下旬驻呼和浩特，得知林丹汗已南渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家返回。途中收拢了林丹汗所遗众数万人。

后金大军到达呼和浩特后，林丹汗在成吉思汗陵前举行庄严的仪式，宣称自己为全蒙古的"林丹图鲁汗"，遂带领察哈尔、鄂尔多斯众，移动成吉思汗之陵，西渡黄河至大草滩。林丹汗在大草滩永固城一带拥众落帐，等待时机，重整旗鼓，准备东山再起。此时，一向决支持林丹汗事业的漠北喀尔喀却图台吉(土谢图汗)，于崇祯七年年初，率所4万之众，直奔大草滩与林丹汗会合。林丹汗和却图台吉通过红教的关系，与藏汗和白利(康区)土司顿月多吉建立了联系。

这一次卢象升对农民军的大围剿失败了，但重创了声势浩大的农民军。也使得大明终于短暂地从农民军的局中了力，再次将目光投到了辽东，投到了朝鲜护龙军上。

大金一方面，因为护龙军的封困和挤压策略，导致国内资愈发窘迫匮乏。崇祯七年后金天聪八年（1634）二月初五日，定丧祭焚衣及殉葬例。自贝勒以下，录额真以上，凡有丧丧者许焚冬衣、秋衣、夏秋衣一，不足此数者听之，如旧衣不足，毋得新制充数。若逾定数及无旧衣而新制以焚化者，被人告发、俱坐应得之罪。夫死其妻许殉，仍行旌表，若妻不殉而侍妾殉者，其妻论死。其违律自殉者，弃其尸，仍令其家赔妇人一官。皇太极都抠门到和死人抢东西的地步了，可见大金生活资匮乏到了何地步。

又自平关（今陕西省宁县西北）秦州，复返陕西。

农民军夹杂着军，气候已成，开始威胁到帝国的统治，朱由检不得不将目光从朝鲜移开，准备先拿农民军开刀，并且祭了名将卢象升。

接下来的一件事，则像一个导火索，彻底引爆了辽东局势。

四月，科尔沁、札鲁特、林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁特、阿苏特等的长台吉会于西拉木河岸，总兵力约10万。这是林丹汗准备对皇太极痛打落狗了，但谁知百足之虫死而不僵，八旗军即使被重创了四旗，也依旧有着大的作战力量。

四月下旬，皇太极率领大军越过兴安岭，驻守都埒河。当夜，镶黄旗两个蒙古人偷逃，将大军压境的消息报告给林丹汗。林丹汗整兵而战，皇太极领两黄旗主力牵制林丹汗数万大军，多尔衮率正白旗和正蓝旗兵士偷袭林丹汗后方，厮杀了一夜，后方失陷的蒙古联军终于崩溃！

崇祯七年六月，总督陈奇瑜与郧抚治卢象升合兵于上津。时农民军各多汉南，陈奇瑜乃引军西向，约会陕西、郧、湖广、河南四巡抚围剿汉南农民军。农民军迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等见明军四集，误走兴安（今陕西省石泉以东的汉江域）车箱峡。峡谷之中为古栈，四面山势险峻，易难。时天雨两旬，被困的农民军疲尽，李自成用顾君恩谋诈降，以重宝诱奇瑜左右及诸将。奇瑜许。七月起义军从车箱峡脱围者计三万六千余人。

攻占南后，起义军分军，老回回等五营攻湖广，李自成等汉中，张献忠率赴信。崇祯七年正月，张献忠自信西去商、洛地区。李自成与张献忠合兵攻取澄城，直平凉等州县。二月二十八日，张献忠等十三营义军自河南商、洛西潼关汉南。三月，老回回等也由川返陕，农民起义军重又联合一起成为一支大的力量。四月，给事中吴甘来请发粟以赈饥。时山西、陕西自去年八月至于是月不雨，赤地千里，民大饥，人相。民饥而兴，而明将多杀良冒功。中州诸郡，畏官兵甚于“贼”疏，初六日，崇祯帝诏发帑赈饥。

然而因为被护龙军在朝鲜会战中打败，损兵折将，致使女真对蒙古草原的掌控力迅速减弱，蒙古草原事渐起，为了平定蒙古事，女真不得不在自己已经半残的情况下，先对蒙古用兵。

也苦了皇太极了，若是照着原本八旗的实力来打，绝对能把林丹汗给彻底打成个稀烂，哪会像现在这样让林丹汗带着数万众逃生天。但蒙古之事也算是告一段落，那些个本来和大金亲近的蒙古诸在见识到八旗军的胜利后，重新树立起对女真一族的敬畏。