首,于是,余懋衡等被削职。崇祯初年,方又官复原职。
李三才,字道甫,顺天通州人。万历二年(1574)中进士,授职户部主事,任郎中。与南乐的魏允贞、长垣李化龙以经世致用相互勉励。等到魏允贞因为议论朝廷违背辅臣意思,李三才抗旨为他申辩,被贬为东昌推官。再改任南京礼部郎中。恰好魏允贞、李化龙与邹元标等在南曹做官,愈加来往密切,讲求经世致用,名声更为著名。调任山东佥事。山东多狡猾的大盗,李三才多方设计圈套,将他们一一剿灭逮捕。升河南参议,又升副使。督山东、山西两省学政,提拔为南京通政参议,征召为大理少卿。
万历二十七年(1599)以右佥都御史总管漕运,巡抚凤阳各府。当时矿税使横行各地。李三才所辖范围,由徐州陈增、仪真暨禄收商税,扬州鲁保征收盐课,沿江邢隆征收芦课税,蔓延千里。矿税使任用奸徒,伪造印章,所到之处如追捕叛乱和逃亡者一样,公然抢夺。而陈增尤其过分,公然数次凌辱官吏。唯有李三才正气凛然,压制其肆意行凶的爪牙,而且密令犯死罪的囚犯将他们指为同党,从而将他们捕杀,陈增的气焰才被压下。
而那些不安分的人因为矿税使的缘故,多起来做了强盗。浙江人赵一平用妖术倡议叛乱。事情被发觉,他逃往徐州,改名古元,胡说自己是宋皇室的后代。与其同伙孟化鲸、马登儒聚集亡命之徒,自署官职,预定第二年二月各方起事。计谋被泄露,他们都被逮捕。赵一平逃到宝坻,被抓获。
李三才再次上疏陈明矿税使的害处,说:“陛下喜爱珠玉,老百姓也羡慕温饱;陛下爱护子孙,百姓也恋妻女。为什么陛下要聚集财宝,而不让小民老百姓有一升一斗的需要;想绵延万年,而不让百姓有一天的欢乐呢?自古未有朝廷的政令,天下的情形就到了这种地步,而能幸免没有叛乱的。朝政鄙陋的多,而陛下的病根就在于沉溺于钱财之中。臣请求陛下发善心,罢除天下的矿税。贪欲之心既然丢掉,则朝政可以治理好。”过了一月,皇上没有回答。李三才又上疏,说:“臣为百姓请命,一个多月没有得到回答。听说近日的奏章,凡涉及到矿税,都置之不理,这是国家存亡的关键,一旦众叛亲离,老百姓都成为敌人,风驰尘扬,叛乱的人群四起,陛下安然独处;即使黄金满箱,明珠填屋,谁替你守护呢?”皇上也不答复。万历三十年(1602),皇上生病,下诏罢矿税,转眼之间又下诏停止罢免矿税。李三才极力陈明国家形势危急,请立刻颁下前面停矿税的诏书,皇上不听。
清口水干涸阻碍了漕运。李三才建议开渠建闸,花费二十万,请求留下漕粮接济。督储侍郎赵世卿力争,李三才于是声称有病请求离去。皇帝讨厌他回避,同意了。淮扬巡按御史崔邦亮,巡漕御史李思孝,给事中曹于汴,御史史学迁、袁九皋交上奏章乞求把李三才留下。史学迁说:“陛下因为陈增的原因,想去掉李三才,托词解除了他的官职。近年来宦官四出,海内沸腾。李盛春的去职因为王虎,魏允贞因为孙朝,前任漕臣李志也是因为矿税事。其他官吏离开岗位的,不可胜数,现在李三才又接着要被去职。淮上军民因为李三才被罢官,想找陈增算帐,陈增避门不出。李三才不当离职可想而知。”皇上对上疏仍不予理睬。李三才于是离开徐州,接连上疏请求找人替代他,未得到命令。正好侍郎谢杰代替赵世卿为督储,再次请求让李三才留下。皇上于是命令李三才继续任职以等待代替的人,皇上也终究没有派遣代替的人。
第二年九月又上疏说:“近来雷电击中了陵寝,大风拔起了树木,洪水滔天,天变到了极点。赵古元刚被肢解于徐州,赵大荣在亳州被砍头,而睢州的大盗又出现了,人心的离散到了极点,陛上每当有征求时,必定说:‘内府已很匮乏。’如果内府果然匮乏,那是国家的福气。所谓皇上瘦弱而天下肥,实际上不是这样。陛下所谓的匮乏,是黄金没有遍地,珠宝玉石没有堆到像天那么高。小民饭都吃不饱,又来搜刮,鞭打没有止尽,道路上全是囚犯,官吏唯有请求罢官,老百姓唯有一死,陛下难道还不引起警惕吗!陛下不要说臣危言耸听、言过其实,真的到了这一步,哪有陛下安身的地方呢!”皇上也不回答。不久,睢州的盗匪被擒获。李三才因此上奏施行几件事,境内安宁。