。十三年（1477）升谨身殿大学士。

商辂为人平易，稳重宽厚能容人，但到面临大事，做出重大决定时，他决心坚定，不容动摇。

仁寿太后的庄户与百姓争田，皇上想将这些百姓迁到塞外。商辂说：“天子以天下为家，还要什么皇庄了这事遂罢了。乾清宫门失火，工部请从四川、湖广采进木材维修。商辂说先稍缓一阵子，留着以警诫后人。皇上听从了。

悼恭太子去世，皇上很为后嗣问题担忧。纪妃生有皇子，已经六岁了，左右的人怕万贵妃，都不敢说。过了很久，才有人告诉了皇上。皇上非常高兴，想向外廷宣告，便先派宦官到内阁说明情况。商辂请求下令礼部拟上皇子的名字，于是廷臣们相继庆贺。皇上马上叫皇子出来见廷臣。过了几天，皇上又到文华殿，让皇子陪同，召见商辂和其他内阁大臣。商辂叩头说：“陛下登基十年了，储君还没有立，天下已经盼望很久了。应当马上将皇子立为皇太子，以安中外人心。”皇上点了点头。这年冬，遂立皇子为皇太子。

当初，皇上召见皇子，将他留在宫中，而纪妃仍住在西内。商辂怕有其他祸患，又难以明说，便与同僚一起上书说：“皇子非常聪慧，是国家根本之所系。现在他又得到贵妃的保护，照顾得比自己亲生的还要好。但外面议论说皇子的生母因病而别居，很长时间母子不能相见。应当把她移到附近，使母子能够朝夕相处，而皇子仍由贵妃来抚养。这样则国家幸甚。”于是纪妃迁到永寿宫。过了一个月，纪妃病危，商辂向皇上请求说：“如果不幸辞世，丧礼应该从厚。”又请求命司礼监奉皇子到永寿宫探视，以及制作丧服，定礼仪。皇上都同意了。

皇上将要恢复郕王的皇位称号，先把这一计划拿到朝廷上议论。商辂极力主弧郕王有功于国家，应该恢复称号。皇上遂下了决心。皇上在禁宫北面建玉皇阁，命宦官来管理，所行的礼仪与郊祀礼相等。商辂等人抗争，将它罢了。有黑着出现，商辂上书请求消灾，共提了八件事，即：对于番僧国师法王，不要给他们滥赐印章；除了四方固定的贡献外，不要接受玩好之用；允许大臣们直言；令各部派使者讯察罪案，检查冤狱；停建不必要的营造工程；充实三边的军粮储备，守卫沿边关隘；设云南巡抚。皇上都采纳了，并下诏给予褒奖。

宦官汪直提督西厂，多次制造大案。商辂率令同官列举了汪直十一条罪状，对皇上说：“陛下听信于汪直，而汪直又听信于象韦瑛之流的一帮小人。他们都自称持有皇上密旨，得以专任刑杀之权，作威作福，残害善良之辈。陛下如果认为抓奸禁乱，于法为不得已，那么前几年为什么能够安然无事呢？并且曹钦的变乱，是由逮呆刺探消息激成的，这事可作为借鉴。自从汪直专权用事以来，士大夫不安于职守，商人不安于营生，庶民不安于作业，如不尽快将他除去，那么天下安危就难以预料了。”皇上不高兴地说：“用一个内竖，何至于危及天下！是谁主持这项奏议的？”皇上命太监怀恩传下圣旨，严加斥责。商辂正色说道：“朝臣无论大小，犯了罪都得要请圣旨才能逮问，而汪直却擅自抄三品以上京官的家。大同、宣府，是边城要害，守备一刻也不能缺人，而汪直一天要抓走数人。南京是祖宗根本之地，其留守大臣，汪直也敢擅自收捕。那些在皇上左右侍奉的人，汪直也擅自更换。汪直不除去，天下怎能安宁？”万安、刘田、刘吉也都上奏皇上，慷慨陈词，怀恩等人为之屈服。商辂对同僚感谢道：“诸公都这么忠心为国，我商辂还有什么要担忧的呢？”正好九卿项忠等人也弹劾汪直，这天遂罢设西厂。汪直虽然不管厂事，但皇上对他宠幸如故。他诬陷商辂曾经收下指挥杨哗的贿赂，想为他开脱罪责。商辂心中不安，而御史戴缙又歌颂汪直的功劳，请求重开西厂，商辂于是坚持要求辞职。皇上下诏加封少保，命令用骚车送回家。商辂离开后，士大夫们更俯首听命于汪直，没有人敢与他对抗了。

钱溥曾经因为不得升官，作《秃妇传》讥讽商辂。高瑶请求恢复景帝的称号，黎淳上书反驳，并极力低毁商辂。商辂都不加以计较，依然和平常一样对待他们。万贵妃敬重商辂的名声，曾拿出她父亲的画像，请商辂写一篇赞文，报以丰厚的金帛。商辂极力推辞，使者说这是贵妃的意思。商辂说：“不是皇上的命令，我不敢应承。”贵妃很不高兴，但商辂终于还是不答应。商辂就是这么和气而又讲原则。

商辂辞官回家后，刘吉去拜访他，见他儿孙满堂，叹道：“我与您共事多年，没有见您笔下枉杀过一个人，您是应该得到上天的厚报的。”商辂说：“我只是不敢让朝廷妄杀一个人而已。”家居十年去世，终年七十三岁。赠太傅，谥文毅。

赠予太傅，谧号文毅。儿子商良臣，成化初年进士，任翰林侍讲。