听从了。原吉动用十几万民工，他身穿布衣，徒步往返，日夜经划，盛夏也不张伞盖。他说“：人民很劳苦，我怎忍独自贪图舒适？”工程竣工后回京，他说水虽然已由故道入海，但支流还没有全部疏通，还不是长久之计。第二年正月，原吉再次前往浙西，疏浚了白茆塘、刘家河、大黄浦。大理寺少卿袁复做他的副手。不久，皇上又派陕西参政宋性辅助他。九月工程完工，流水畅通，苏州、松江一带农田获得大利。三年回京。这年夏，浙西发生严重饥荒，皇上命原吉率领俞士吉、袁复和左通政赵居任前往赈济。他们发放三十万石粮食，并供给饥民耕牛和种子。有人请招徕百姓佃耕大水退后的淤田，原吉急速传疏反对。姚广孝从浙西回来，称赞原吉说：“他真有上古仁爱之心。”

没多久，郁新去世，原吉被召回，代理部事。他首先请裁减过多的供给，减轻赋税徭役，严申食盐和钱钞方面的禁令，清理仓库货场，推广屯田种养，以供给边防，减轻人民负担，同时也方便商人。答复都说可行。凡各地的户口、府库、田税增减的数目，他都用小本子记好，带在身上，随时查阅。一天，皇上问天下钱粮有多少，原吉回答得很详尽，为此他更受器重。当时，战争刚刚结束，皇上给参加“靖难”的功臣封赏，分封藩王，增设武卫百司。不久又发兵八十万向安南问罪，命宦官监造巨舰通使海外各国，在北京大造宫室。这些事项，供应转输的财物都以数万万计，全由户部支出。原吉都尽心筹划，保证了国家各项开支。

六年(1408)，皇上命原吉监督军民将木材运往北京，又派锦衣卫官校随从，惩治怠工的人。原吉担心违犯的人太多，便事先告诫他们，然后再出发，人们都非常感激他。

七年(1409)，皇上北巡，命原吉兼理行在所礼部、兵部和都察院事务。有两个指挥冒领月薪，皇上想处死他们。原吉说“：这不合法，假如他们真的是盗贼，又将怎样处理他们呢？”皇上这才罢了。

八年(1410)，皇上北征，原吉辅佐太孙留守北京，总管行在所九卿事务。当时各部门刚刚创建，每天早上，原吉进去辅佐太孙处理各项事务。退朝后，各部的郎官和御史又围上来请示。原吉一边回答一边手批，不动声色。北自行在所，南达京师，人们都对他肃然起敬。皇上回来后，赐给他钞币、鞍马、牛酒，厚加慰劳，不久随皇上回南京，受命侍从太孙周游乡里村落，考察民间疾苦。原吉拿了一些粘黄米粉进呈给太孙，说：“请殿下将它吃了，以了解百姓生活的艰辛。”九年任满，皇上在便殿设宴，款待原吉和蹇义等人，皇上指着两人对群臣说：“高皇帝培养贤才留给我使用。各位想看古代名臣，这两位便是。”此后原吉多次侍从太孙，往来于南北两京，途中还随事献上忠言，使太孙获得很多助益。

十八年(1420)，北京的宫室建成，皇上派原吉南下召太子和太孙北上。回来后，原吉说：“经过多年营建，现在终于大功告成。应该安抚流亡在外的人，免除拖欠的各项征收，使人民得以休养生息。”第二年，三殿失火，原吉重申从前的请求。皇上马上命有关部门推行。当初，皇上因三殿失火下诏求直言，群臣大都说迁都北京不便。皇上大怒，杀死主事萧仪，说道：“当初要迁都时，曾与大臣们秘密讨论过，很久才确定下来，并不是轻率决定的。”言官借机弹劾大臣。皇上命他们都跪在午门外辩论。大臣们都骂言官，原吉却唯独上奏说：“他们响应诏令而提出自己的意见，没有犯罪。臣等一帮凑数的大臣，不能协同辅佐国家大事，应当有罪。”皇上怒意消了，将双方都宽恕了。有人指责原吉违背初衷。原吉说“：我们这些人任职很久了，虽然言语有失，侥幸皇上能够原谅。如果言官得罪，那损失就不小了。”众人这才佩服。

原吉虽然任户部尚书，国家大事总是被皇上召去详加议论。皇上每次御临便殿门口，总是召原吉来谈话，常常忘了时间，左右的人都不得听闻。原吉退下后，总是恭恭敬敬的，就像什么都没有参预一样。讨平交趾后，皇上问升官与赏赐哪样便利。原吉回答说“：赏赐费用只是一次，是有限的；而升官后的费用，则是无限的。”皇上听从了。有西域法王来朝见，皇上想到郊外去慰劳他，原吉说不行。到法王入宫后，原吉见而不拜。皇上笑着说“：爱卿想效法韩愈吗？”