已而仁宗崩，太至自南京。原吉奉遗诏迎于卢沟桥。宣宗即位，以旧辅益亲重。明年，汉王煦反，亦以“靖难”为辞，移檄罪状诸大臣，以原吉为首。帝夜召诸臣议。杨荣首劝帝亲征。帝难之。原吉曰：“独不见李景隆已事耶？臣昨见所遣将，命下即变，临事可知矣。且兵贵神速，卷甲趋之，所谓先人有夺人之心也。荣策善。”帝意遂决。师还，赉予加等，赐阍者三人。原吉以无功辞。不听

仁宗即位，复其官。方原吉在狱，有母丧，至是乞归终制。帝曰：“卿老臣，当与朕共济艰难。卿有丧，朕独无丧乎？”厚赐之，令家人护丧，驰传归葬，有司治丧事。原吉不敢复言。寻加太少傅。吕震以太少师班原吉上，帝命鸿胪引震列其下。少保，兼太少傅、尚书如故，三禄。原吉固辞，乃听辞太少傅禄。赐“绳愆纠缪”银章，建第于两京。

六年命督军民输材北都，诏以锦衣官校从，治怠事者。原吉虑犯者众，告戒而后行，人皆悦。

原吉虽居，国家大事辄令详议。帝每御便殿阙门，召语移时，左右莫得闻。退则恂恂若无预者。阯平，帝问：“迁官与赏孰便？”对曰：“赏费于一时，有限；迁官为后日费，无穷也。”从之。西域法王来朝，帝郊劳，原吉不可。及法王，原吉见，不拜。帝笑曰：“卿效韩愈耶？”山东唐赛儿反，事平，俘胁从者三千余人至。原吉请于帝，悉原之。谷王h叛，帝疑长沙有通谋者。原吉以百保之，乃得寝。

十八年，北京室成，使原吉南召太、太孙。既还，原吉言：“连岁营建，今告成。宜抚亡，蠲逋负以宽民力。”明年，三殿灾，原吉复申前请，亟命所司行之。初以殿灾诏求直言，群臣多言都北京非便。帝怒，杀主事萧仪，曰：“方迁都时，与大臣密议，久而后定，非轻举也。”言者因劾大臣。帝命跪午门外质辨。大臣争詈言者，原吉独奏曰：“彼应诏无罪。臣等备员大臣，不能协赞大计，罪在臣等。”帝意解，两宥之。或尤原吉背初议。曰：“吾辈历事久，言虽失，幸上怜之。若言官得罪，所损不细矣。”众始叹服。

八年，帝北征，辅太孙留守北京，总行在九卿事。时诸司草创，每旦，原吉佐太孙参决庶务。朝退，诸曹郎御史环请事。原吉答手书，不动声。北达行在，南启监国，京师肃然。帝还，赐钞币、鞍、牢醴，劳有加。寻从还南京，命侍太孙周行乡落，观民间疾苦。原吉取齑黍以，曰：“愿殿下此，知民艰。”九载满，与蹇义皆宴便殿，帝指二人谓群臣曰：“皇帝养贤以贻朕。观古名臣，此其人矣。”自是屡侍太孙，往来两京，在随事纳忠，多所裨益。

吾何忍独适。”事竣，还京师，言虽由故海，而支未尽疏，非经久计。明年正月，原吉复行，浚白茆塘、刘家河、大黄浦。大理少卿袁复为之副。已，复命陕西参政宋佐之。九月工毕，，苏、松农田大利。三年还。其夏，浙西大饥。命原吉率俞士吉、袁复及左通政赵居任往振，发粟三十万石，给。有请召民佃退淤田益赋者，原吉驰疏止之。姚广孝还自浙西，称原吉曰：“古之遗也。”亡何，郁新卒，召还，理事。首请裁冗，平赋役；严盐法、钱钞之禁；清仓场，广屯，以给边苏民，且便商贾。皆报可。凡中外、府库、田赋赢缩之数，各以小简书置怀中，时检阅之。一日，帝问：“天下钱、谷几何？”对甚悉，以是益重之。当是时，兵革初定，论“靖难”功臣封赏，分封诸藩，增设武卫百司。已，又发卒八十万问罪安南、中官造舰通海外诸国、大起北都阙。供亿转输以钜万万计，皆取给曹。原吉悉心计应之，国用不绌。

十九年冬，帝将大举征沙漠。命原吉与礼尚书吕震、兵尚书方宾、工尚书吴中等议，皆言兵不当。未奏，会帝召宾，宾力言军兴费乏，帝不怿。召原吉问边储多寡，对曰：“比年师无功，军储蓄十丧八九，灾眚迭作，内外俱疲。况圣躬少安，尚须调护，乞遣将往征，勿劳车驾。”帝怒，立命原吉理开平粮储。而吴中对如宾言，帝益怒。召原吉系之内官监，并系大理丞邹师颜，以尝署也。宾惧自杀。遂并籍原吉家，自赐钞外，惟布衣瓦。明年北征，以粮尽引还。已，复连岁，皆不见敌。还至榆木川，帝不豫，顾左右曰：“夏原吉我。”崩闻至之三日，太走系所，呼原吉，哭而告之。原吉伏地哭，不能起。太令狱，与议丧礼，复问赦诏所宜。对以振饥、省赋役、罢西洋取宝船及云南、阯采办诸金银课。悉从之。

七年，帝北巡，命兼摄行在礼、兵、都察院事。有二指挥冒月廪，帝斩之。原吉曰：“非律也，假实为盗，将何以加？”乃止。